COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 1.644493 1.644493 1.735658
2021-07-02 17:00:00 1.714347 1.714347 1.739095
2021-07-01 17:00:00 1.908265 1.908265 1.749410
2021-06-30 17:00:00 1.765723 1.765723 1.760109
2021-06-29 17:00:00 1.501747 1.501747 1.762899
2021-06-28 17:00:00 1.749415 1.749415 1.789026
2021-06-27 17:00:00 2.053571 2.053571 1.816734

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 1.351351 2.154675 2.489901
2021-07-02 17:00:00 1.721557 1.721557 2.405907
2021-07-01 17:00:00 4.694836 4.694836 2.442408
2021-06-30 17:00:00 2.771180 2.771180 2.394915
2021-06-29 17:00:00 2.795899 2.795899 2.319178
2021-06-28 17:00:00 0.404858 2.053571 2.209565
2021-06-27 17:00:00 1.854220 1.854220 2.132566

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 5.045872 5.045872 3.987681
2021-07-02 17:00:00 1.465201 1.465201 3.941561
2021-07-01 17:00:00 7.142857 7.142857 4.295033
2021-06-30 17:00:00 3.333333 3.333333 4.377446
2021-06-29 17:00:00 2.564103 2.564103 4.477100
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 4.429841
2021-06-27 17:00:00 7.971014 7.971014 4.840269

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 3.311650 3.311650 1.736845
2021-07-02 17:00:00 0.732394 0.732394 1.734395
2021-07-01 17:00:00 1.453175 1.453175 1.703003
2021-06-30 17:00:00 1.799856 1.799856 1.763473
2021-06-29 17:00:00 1.250000 1.250000 1.710725
2021-06-28 17:00:00 0.724638 0.724638 1.670249
2021-06-27 17:00:00 2.777778 2.777778 1.700094

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 7.066599 7.066599 6.739562
2021-07-02 17:00:00 5.587229 5.587229 6.698915
2021-07-01 17:00:00 4.969810 4.969810 6.777626
2021-06-30 17:00:00 6.802721 6.802721 6.842891
2021-06-29 17:00:00 8.527697 8.527697 6.901748
2021-06-28 17:00:00 6.434316 14.343164 7.190958
2021-06-27 17:00:00 6.547209 6.547209 7.354345

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 4.606662 4.606662 4.328454
2021-07-02 17:00:00 3.463855 4.593373 4.337903
2021-07-01 17:00:00 4.375897 4.375897 4.366923
2021-06-30 17:00:00 2.258469 3.826851 4.313024
2021-06-29 17:00:00 2.257053 3.699060 4.218631
2021-06-28 17:00:00 8.755130 4.535790 4.330107
2021-06-27 17:00:00 4.903537 4.903537 4.396584

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 1.434720 1.434720 1.644211
2021-07-02 17:00:00 2.896552 2.896552 1.635488
2021-07-01 17:00:00 2.060440 2.060440 1.665416
2021-06-30 17:00:00 1.304348 1.304348 1.611900
2021-06-29 17:00:00 1.718582 1.718582 1.588913
2021-06-28 17:00:00 0.826446 0.826446 1.508742
2021-06-27 17:00:00 0.823893 0.823893 1.437444

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 2.639752 2.639752 2.573357
2021-07-02 17:00:00 2.540691 2.540691 2.612725
2021-07-01 17:00:00 2.538787 2.538787 2.636934
2021-06-30 17:00:00 2.388759 2.388759 2.667311
2021-06-29 17:00:00 1.803922 1.803922 2.658328
2021-06-28 17:00:00 3.354839 3.354839 2.691312
2021-06-27 17:00:00 3.647059 3.647059 2.691731

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 0.362319 0.362319 0.648412
2021-07-02 17:00:00 0.729927 0.729927 0.654779
2021-07-01 17:00:00 0.761421 0.761421 0.665771
2021-06-30 17:00:00 0.730460 0.730460 0.676121
2021-06-29 17:00:00 0.879917 0.517598 0.685156
2021-06-28 17:00:00 0.000000 2.512563 0.699964
2021-06-27 17:00:00 0.801925 0.801925 0.711217

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 0.911458 0.911458 1.062765
2021-07-02 17:00:00 1.078431 1.078431 1.066614
2021-07-01 17:00:00 1.091405 1.091405 1.081866
2021-06-30 17:00:00 1.174542 1.174542 1.090481
2021-06-29 17:00:00 0.891476 1.182571 1.100398
2021-06-28 17:00:00 0.810002 1.105020 1.089052
2021-06-27 17:00:00 1.018313 1.018313 1.092830

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 3.579418 3.579418 1.810504
2021-07-02 17:00:00 2.975558 2.975558 1.736287
2021-07-01 17:00:00 4.655870 1.315789 1.658335
2021-06-30 17:00:00 1.222494 1.594049 1.566602
2021-06-29 17:00:00 0.798403 0.798403 1.525895
2021-06-28 17:00:00 0.840336 0.320856 1.486953
2021-06-27 17:00:00 1.340206 1.340206 1.459530

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 0.300300 0.300300 0.261380
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.317390
2021-07-01 17:00:00 0.373134 0.278164 0.405157
2021-06-30 17:00:00 0.381679 0.381679 0.438012
2021-06-29 17:00:00 0.000000 0.000000 0.465092
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 0.476406
2021-06-27 17:00:00 2.015677 0.404313 0.602139

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 3.196347 3.196347 2.502269
2021-07-02 17:00:00 3.252033 3.252033 2.527449
2021-07-01 17:00:00 5.577689 1.792829 2.529533
2021-06-30 17:00:00 1.020408 1.020408 2.665130
2021-06-29 17:00:00 4.060914 4.060914 2.655921
2021-06-28 17:00:00 3.191489 1.587302 2.655944
2021-06-27 17:00:00 1.041667 1.041667 2.771943

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 0.344828 0.344828 0.686542
2021-07-02 17:00:00 1.026393 1.026393 0.700520
2021-07-01 17:00:00 0.863558 0.863558 0.692423
2021-06-30 17:00:00 1.525054 1.525054 0.718033
2021-06-29 17:00:00 0.760456 0.760456 0.709791
2021-06-28 17:00:00 0.512821 0.172712 0.715723
2021-06-27 17:00:00 0.245700 0.245700 0.707699

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 0.462718 0.462718 0.568056
2021-07-02 17:00:00 0.425170 0.425170 0.586980
2021-07-01 17:00:00 0.456725 0.456725 0.611072
2021-06-30 17:00:00 0.780031 0.780031 0.649988
2021-06-29 17:00:00 0.662535 0.662535 0.679238
2021-06-28 17:00:00 0.504505 0.504505 0.705555
2021-06-27 17:00:00 0.935990 0.935990 0.731092

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 2.442827 2.442827 2.474661
2021-07-02 17:00:00 2.524956 2.524956 2.569322
2021-07-01 17:00:00 3.110420 3.110420 2.563896
2021-06-30 17:00:00 2.042007 2.042007 2.655204
2021-06-29 17:00:00 3.478774 3.478774 2.756439
2021-06-28 17:00:00 0.726392 0.726392 2.772571
2021-06-27 17:00:00 5.092593 1.994560 2.887662

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 0.358102 0.358102 0.571868
2021-07-02 17:00:00 1.178689 0.518623 0.586876
2021-07-01 17:00:00 0.568182 0.568182 0.604169
2021-06-30 17:00:00 0.885878 0.885878 0.628149
2021-06-29 17:00:00 0.533721 0.533721 0.616952
2021-06-28 17:00:00 0.157729 0.052110 0.624561
2021-06-27 17:00:00 1.126972 1.126972 0.634291

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 3.544036 3.544036 3.040451
2021-07-02 17:00:00 3.400355 3.400355 3.007988
2021-07-01 17:00:00 3.068996 3.068996 2.948930
2021-06-30 17:00:00 2.849117 2.849117 2.977543
2021-06-29 17:00:00 2.159215 2.159215 2.931399
2021-06-28 17:00:00 2.615193 2.615193 2.934402
2021-06-27 17:00:00 4.819800 4.819800 2.991452

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 1.232742 1.232742 0.980220
2021-07-02 17:00:00 1.390221 1.390221 0.970811
2021-07-01 17:00:00 1.119561 1.119561 0.988587
2021-06-30 17:00:00 0.768751 0.768751 0.991634
2021-06-29 17:00:00 0.389105 0.389105 0.970530
2021-06-28 17:00:00 1.786681 0.762125 0.969490
2021-06-27 17:00:00 0.934330 0.934330 0.984472

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 1.234568 1.234568 1.294665
2021-07-02 17:00:00 1.810865 1.810865 1.400487
2021-07-01 17:00:00 0.443131 0.443131 1.466529
2021-06-30 17:00:00 1.353638 1.353638 1.602616
2021-06-29 17:00:00 1.398601 1.398601 1.661841
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 1.723990
2021-06-27 17:00:00 1.395349 1.395349 1.826013

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 1.401869 1.401869 1.141798
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 1.153947
2021-07-01 17:00:00 1.058201 1.058201 1.162525
2021-06-30 17:00:00 2.941176 2.941176 1.146423
2021-06-29 17:00:00 1.775148 1.775148 1.127837
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 1.101815
2021-06-27 17:00:00 1.000000 1.000000 1.138376

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-03 17:00:00 1.176051 3.343465 2.634592
2021-07-02 17:00:00 3.082747 3.082747 2.602251
2021-07-01 17:00:00 2.340426 2.340426 2.537673
2021-06-30 17:00:00 2.713987 2.713987 2.493815
2021-06-29 17:00:00 1.843765 1.843765 2.424383
2021-06-28 17:00:00 2.642008 2.642008 2.345723
2021-06-27 17:00:00 2.947224 2.947224 2.285509

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.351351 2.154675 2.489901
Basilicata 5.045872 5.045872 3.987681
Calabria 3.311650 3.311650 1.736845
Campania 7.066599 7.066599 6.739562
Emilia-Romagna 4.606662 4.606662 4.328454
Friuli Venezia Giulia 1.434720 1.434720 1.644211
Lazio 2.639752 2.639752 2.573357
Liguria 0.362319 0.362319 0.648412
Lombardia 0.911458 0.911458 1.062765
Marche 3.579418 3.579418 1.810504
Molise 0.300300 0.300300 0.261380
P.A. Bolzano 3.196347 3.196347 2.502269
P.A. Trento 0.344828 0.344828 0.686542
Piemonte 0.462718 0.462718 0.568056
Puglia 2.442827 2.442827 2.474661
Sardegna 0.358102 0.358102 0.571868
Sicilia 3.544036 3.544036 3.040451
Toscana 1.232742 1.232742 0.980220
Umbria 1.234568 1.234568 1.294665
Valle d'Aosta 1.401869 1.401869 1.141798
Veneto 1.176051 3.343465 2.634592

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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